Był członkiem jury podczas 48. Międzynarodowego Festiwalu Filmowego w Cannes (Francja) w 1995 roku.
W 2011 roku wystąpił w teledysku do piosenki "Creep" zespołu The Lonely Island.
W młodości zarabiał 50 dolarów tygodniowo. Robił przedstawienia kukiełkowe dla dzieci sąsiadów, często występował na przyjęciach urodzinowych. Wiele jego pokazów było inspirowanych filmami Williama Castle
Wszystkie jego filmy umiejscowione są w Baltimore (Maryland, USA).
Był członkiem jury dramatycznego na Festiwalu Filmowym Sundance w 2002 roku.
Waters posiada jeden z obrazów John'a Wayne'a Gacy'a (amerykańskiego, seryjnego mordercy). Obraz wisi w pokoju gościnnym, by, jak twierdzi reżyser, goście nie zostawali w nim za długo...
Ma troje rodzeństwa: młodszego brata
Steve'a oraz siostry Kathy i Trish.
Jest autorem następujących książek:
- 1981 r. - "Shock Value: A Tasteful Book About Bad Taste";
- 1987 r. - "Crackpot: The Obsessions of John Waters";
- 1988 r. - '"Trash Trio: Three Screenplays";
- 2003 r. - "Art: A Sex Book" (wspólnie z Bruce'm Hainleyem);
- 2010 r. - "Role Models";
- 2014 r. - "Carsick: John Waters Hitchhikes Across America".
Praktycznie we wszystkich jego produkcjach gra
Mink Stole.
Dostał propozycję wyreżyserowania filmu "
Żądza na pustyni", jednak odmówił, ponieważ to nie on był autorem scenariusza. Ostatecznie za kamerą stanął
Paul Bartel.